ishak pasa zindanlari
Zindan birinci avlunun kuzey tarafında yer alan muhafız koğuşlarının alt kısmında bulunmaktadır.
Bodrumda yer alan zindana, muhafız koğuşlarına giriş sağlayan kapıların bulunduğu cephenin kuzey batı köşesindeki dikdörtgen bir kapı açıklığından girilerek, aşağıya inen dik merdivenlerle ulaşılır. Yan yana sıralanmış beşik tonozlarla örtülü altı ayrı hücreden oluşan zindanın, H. Gündoğdu tarafından yürütülen restorasyon çalışmaları sırasında yarı yüksekliğe kadar molozlarla dolmuş olan bölümleri tamamen temizlenerek, burasının birbirine demir parmaklıklı kapılarla geçişin sağlandığı saray zindanı olarak kullanıldığı kesinlik kazanmıştır. Yer yerde kayaların oluşturulmuş, oldukça sağlam bir yapı sistemine sahip olan zindanın doğu ucunda bulunan hücrenin girişi bulunmamakla birlikte bu bölüme mahkumların tavanda yer alan bir açıklıktan halatlarla indirildikleri belirtilmektedir. 1805-1806 yıllarında saray zindanında tutuklu olarak kalmış olan Jaubert burayı ; “akmayan çeşmeler ve kuru sarnıçların bulunduğu kaya içine oyulmuş, 30 ayak derinliğinde, 16 ayak uzunluğunda ve 5 ayak genişliğinde bir bodrum katı” olarak seyahatnamesinde belirtmiştir.
Bodrumda yer alan zindan hücrelerinin üst hizasında biri avluya diğeri kuzeye bakan birer mazgal pencere yer almaktadır.